در صنعت مرغداري تصمیم‌هاي مدیریتی شامل موضوع کیفیت محصولات دامی می‌باشد؛ این در حالی است که در کشورهاي در حال توسعه تنها گزینه در خصوص کیفیت تولید، بحث ضمانت بهداشتی محصولات می‌‌باشد، در حالی که در کشورهاي پیشرفته مفهوم کیفیت تولید چیزي فراتر از بهداشت محصولات دامی و رعایت مسائل اخلاقی می باشد. استفاده نادرست از آنتی‌بیوتیک‌ها در پرورش طیور گوشتی و اثرات نامطلوب باقی مانده‌هاي آن‌ها بر سلامتی انسان ها، از جمله چالش‌هاي مهم این صنعت محسوب می‌شود. از این رو دستیابی به امنیت غذایی سلامت غذایی و کاهش مخاطرات ناشی از بقایاي داروهاي دامپزشکی، موضوع مهمی در تولید و سلامت خوراك انسان است ورود محصولات دامی سالم در بازارهاي مصرف یکی از شاخص‌هاي کلیدي و مهم در بهداشت غذایی جامعه محقق شود.

با توجه به محوریت بخش کشاورزی در توسعه اقتصادی کشور، دستیابی به حداکثر تولید با صرف حداقل انرژی و منابع ملی برای استفاده بهینه از توانائی‌های آب و خاک امری اجتناب‌ناپذیر است. بررسی توانائی‌های ذکر شده حاکی از این است که با توجه به میزان آب در دسترس، محدودیت زمین وجود نداشته و با توسعه منابع آب موجود و یا صرفه‌جوئی در آب مصرفی، احداث گلخانه و نوع محصول انواع سیستم‌های کشت گلخانه‌ای با توجه به میزان سرمایه‌گذاری اولیه، از اهداف موردنظر که می‌توان سطح اراضی زیر کشت آبی و نهایتاً میزان تولیدات کشاورزی را افزایش داد.

در حال حاضر اکثر واحدهای پرورش مرغ گوشتی در سطح کشور برای گرمایش سالن های خود از سیستم های سنتی استفاده می‌کنند و تنها درصد کمی از واحدهای مرغداری گوشتی از سیستم های نسبتا مناسب تر استفاده می‌کنند. از آنجایی که سیاست های دولت بر حذف یارانه های انرژی بنا نهاده شده ، با افزایش قیمت سوخت تولیدکنندگان این صنعت در تامین سوخت سالن های خود با مشکل بزرگی مواجه خواهند شد. بلوغ سیستم‌های گوارشی و همچنین سیستم عصبی در دوره جنینی آغاز می شود و این سیستم ها در اوایل دوره پرورش تحت تاثیر عوامل محیطی می‌توانند دچار دگرگونی شوند . استرس سرمایی بر عملکرد جوجه های گوشتی ، در دوره جوجه کشی و اوایل دوره پرورش اثرات زیادی دارد.

کاشت و تولید محصولات گلخانه‌ای در سال‌های اخیر مورد استقبال کشورهايي که با محدوديت آب مواجه‌اند، قرار گرفته است ، که این مهم به عنوان يکي از مؤثرترين راه‌ها برای مصرف بهینه آب در کشاورزی می‌باشد. پرورش گیاهان درشرايط گلخانه به دلیل مزايای متعدد، نظیر کنترل تغذيه گیاه، کاهش بروز آفات و بیماری‌ها موجب افزايش رشد، عملکرد و کیفیت محصول نسبت به کشت مزرعه‌ای می‌شود. با رشد جمعیت و افزايش فعالیت‌های صنعتی در دو قرن اخیر هر روزه مقادير قابل توجهي گازهای دی اکسدکربن ، متان ، کلرو فلوروکربن اکسیدهای نیترو و غیره به موجودی گازهای طبیعی در جو اضافه می‌شود و همچنین تغییر کلي گازهای گلخانه‌ای در جو ، موجب افزايش يا کاهش تشعشعات ورودی کره زمین خواهد شد. يکي از مهمترين گازهای گلخانه‌ای دی اکسیدکربن است افزايش دی اکسیدکربن به میزان زيادی بر بهره دهي جهاني بخش کشاورزی اثر مي گذارد .